研究院下设中药质量评价关键技术研究、中药制剂关键技术与资源利用开发、创新药物研究及中成药二次开发三个研究方向。中药质量评价关键技术研究以十大晋药和太行区域本草为研究对象，开展本草考证与药物资源研究以及中药质量控制与评价等研究，为本草资源结构、质量评价技术及行业标准的建立提供平台及技术支撑；中药制剂关键技术与资源利用开发方向是围绕本草资源及中药制剂进行中药制剂关键技术开发与应用与健康产品研发；创新药物研究及中成药二次开发是立足于太行本草、名医验方、名优中成药，面向临床需求，开展药效物质发现、成药性评价及临床前研究，开发创新药物。
